于br组p0.035。

总共有42条通路在这些样本中显著富集，与lip相比，li具有独特的显著丰富的转移相关通路，如notch信号和e受体相互作用。notch信号也在br中丰富，但在brp中不丰富。并且，br，还有许多独特的途径，如药物代谢、几种免疫相关途径、细胞凋亡和错配修复。为了了解brp和br中的通路水平相似性是否也比lip和li中的降低，我们进行了通路特征分析，并计算了样本组之间的通路水平相似性参见材料和方法。事实上，与它们相匹配的原发肿瘤相比，br有明显不同的途径富集，而li有更多相似的通路。p0.0011。

2.配对原发和转移性肿瘤的系统发育关系

为了研究li和br的进化过程例如，线性与平行发展模型4，我们研究了原发肿瘤和它们匹配的转移瘤之间的系统发育关系。我们推断了基因组改变的序列，然后使用两种独立的算法重建了每种情况下的系统发育树。我们在图3a中列出了每组的三个有代表性的案例。

3.配对br的转移内和转移间同质性

由于br在配对的原发灶和转移灶之间表现出明显低于li组的突变和拷贝数变异相似性，因此我们随后研究了br的转移内和转移间的异质性。我们采用了如前所述的方法研究br的转移内单个br的多个区域和转移间来自同一患者的多个br的异质性，24例，并收集了另外5例肺腺癌患者的br标本。如图4所示，单个br病灶被分成来自患者br91、br93和br94的三到四个部分，用于转移内分析。为了进行转移间异质性分析，分别从患者br95和br96收集了3个和2个br病灶。这些样本中最典型的突变驱动基因是egfr和tp53。同样，转移内和转移间的样本中egfr突变是完全一致的。

同一患者的所有样本的突变模式和特征几乎一致图4a。此外，我们还重建了每个病例的系统发育树。如图4b所示，所有病例的不同转移样本都可以追溯到单系关系，这表明多个brs的共同起源是占优势的。

?讨论?

尽管最近在各种癌症的治疗方面取得了进展，但科学发现尚未有效地转化为预防和治疗转移，这仍然是治疗失败和令人沮丧的长期生存的主要挑战。越来越多的证据表明，转移在一定程度上是原发肿瘤进化的产物。转移能力强的克隆可能出现在原发肿瘤进展的早期和晚期。更好地了解转移过程及其进展模式被认为具有重要的临床意义；因此，这些发现最终可能导致预防和控制远处转移的新策略。此外，阐明不同转移部位的独特突变格局和进化模式可能有助于为临床上这一未得到满足的需求制定精确的策略。

为了达到这一目标，我们对21例患有li或br的肺腺癌进行了es，以研究它们的突变格局和进化模式。此外，我们还对另外5个单发brs进行了多区域es检查，以探讨转移内或转移间的异质性。我们的研究发现，与原发肿瘤相比，br呈现出比li更不同的突变格局。br和li的肺腺癌发生发展轨迹完全不同。br更有可能有一个并行进化模型，而li更有可能有一个线性模型。最后，我们发现在br中转移间和转移内的同质性很普遍。

我们首先在snv水平上研究了li和br的突变情况。虽然原发肿瘤与匹配的li或br在突变模式和突变特征上没有太大差异，但我们确实注意到br具有更高比例的特异体细胞突变，这表明br与li相比在遗传学上与其原发肿瘤的差异更大。由于snv的局限性，我们进一步观察了v的模式。然而li与原发肿瘤的高度一致性被注意到，而br组没有观察到这样的发现。此外，br的v水平明显高于li。鉴于v是染色体不稳定c的一个重要指标，而且以前的文献表明c与